Η πρωιμότερη αναφορά για το Ιερό και την αρχαία πόλη είναι η συνοπτική περιγραφή της σύντομης παραμονής του Κυριακού Αγκωνίτη στη Σαμοθράκη τον Οκτώβριο του 1444. Η πρώτη ανασκαφή στο Ιερό έγινε το 1854. Εννιά χρόνια αργότερα, το 1863, ο C. Champoiseau, Γάλλος υποπρόξενος τοποθετημένος τότε στην Αδριανούπολη (Edirne), ανακάλυψε το περίφημο άγαλμα της Νίκης. Το 1866 οι G. Deville και E. Coquart, απεσταλμένοι από τη Γαλλική Κυβέρνηση, χαρτογράφησαν τα ορατά ερείπια και έκαναν δοκιμαστικές ανασκαφές. Το 1873 και 1875 δύο Αυστριακές αποστολές με τη διεύθυνση του A. Conze διεξήγαγαν τις πρώτες συστηματικές ανασκαφές στο Ιερό που είχαν αποτέλεσμα μία κλασική δίτομη δημοσίευση (1875 και 1880). Τις ατυχείς προσπάθειες του C. Champoiseau να βρει το κεφάλι της Νίκης (1879 και 1891) ακολούθησαν Γαλλο-Τσεχοσλοβακικές ανασκαφές το 1923 και 1927 (A. Salač, F. Chapouthier και J. Nepomucký). Το 1938 οι ανασκαφές στο Ιερό επαναλήφθηκαν, αυτή τη φορά από το Ινστιτούτο Καλών Τεχνών του Πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης που συνεχίζονται μέχρι σήμερα με τη διεύθυνση των K. Lehmann (1938-1960), J. R. McCredie (1966-2012) και B. D. Wescoat (2012-).
ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΗΣ ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΗΣ ΕΡΕΥΝΑΣ
Ο Κυριακός Αγκωνίτης (1391-1452) υπήρξε ο πιο παραγωγικός καταγραφέας Ελληνικών και Ρωμαϊκών αρχαιοτήτων, ιδιαίτερα επιγραφών, στον 15ο αι. και η γενική ακρίβεια των καταγραφών του επιτρέπει να τον θεωρήσουμε ως τον θεμελιωτή της νεότερης κλασικής αρχαιολογίας. Όπως οι περισσότεροι πρώιμοι ουμανιστές, ανάστησε το ενδιαφέρον για τον αρχαίο Ελληνικό και Ρωμαϊκό πολιτισμό που ονομάζουμε Αναγέννηση. Από την αδιάκοπη προσωπική του επαφή με τα φυσικά κατάλοιπα της κλασικής αρχαιότητας που ήταν σκορπισμένα στο ιταλικό τοπίο, στα νησιά του Αιγαίου, την ηπειρωτική Ελλάδα και τη Μικρά Ασία, προέρχονται τα ημερολόγια και οι επιστολές του γεμάτα με διηγήσεις των περιπλανήσεών του και σχέδια ναών και άλλων κτιρίων, αγαλμάτων και τειχών πόλεων που είχε δει. Πολλά από τα μνημεία αυτά είτε δεν υπάρχουν πια ή σώζονται σε πολύ άσχημη κατάσταση.
Ο Κυριακός Αγκωνίτης (1391-1452) υπήρξε ο πιο παραγωγικός καταγραφέας Ελληνικών και Ρωμαϊκών αρχαιοτήτων, ιδιαίτερα επιγραφών, στον 15ο αι. και η γενική ακρίβεια των καταγραφών του επιτρέπει να τον θεωρήσουμε ως τον θεμελιωτή της νεότερης κλασικής αρχαιολογίας. Όπως οι περισσότεροι πρώιμοι ουμανιστές, ανάστησε το ενδιαφέρον για τον αρχαίο Ελληνικό και Ρωμαϊκό πολιτισμό που ονομάζουμε Αναγέννηση. Από την αδιάκοπη προσωπική του επαφή με τα φυσικά κατάλοιπα της κλασικής αρχαιότητας που ήταν σκορπισμένα στο ιταλικό τοπίο, στα νησιά του Αιγαίου, την ηπειρωτική Ελλάδα και τη Μικρά Ασία, προέρχονται τα ημερολόγια και οι επιστολές του γεμάτα με διηγήσεις των περιπλανήσεών του και σχέδια ναών και άλλων κτιρίων, αγαλμάτων και τειχών πόλεων που είχε δει. Πολλά από τα μνημεία αυτά είτε δεν υπάρχουν πια ή σώζονται σε πολύ άσχημη κατάσταση.
