Η πολιτιστική τροχιά του νησιού
Η Αίθουσα Ε παρουσιάζει ανασκαφικά ευρήματα, περισυλλογές και παραδόσεις από διάφορες θέσεις της Σαμοθράκης και σκιαγραφεί την πολιτιστική τροχιά του νησιού από το τέλος της Μέσης Νεολιθικής (μέσα 6ης χιλιετίας π.Χ.) μέχρι το πρώτο μισό του 20ού αι. Αρχικά εκτίθενται ευρήματα από τις ανασκαφές στο Μικρό Βουνί και την περιοχή της ακρόπολης του Βρυχού, του προϊστορικού και πρωτοϊστορικού παρελθόντος αντίστοιχα. Ακολουθούν ευρήματα από τα υπαίθρια ιερά της Βενδῖδος-Αρτέμιδος στη θέση Μάνταλ’ Παναγιά και της Κυβέλης / Ορείας Μητέρας στη θέση Κερασούδα, και από τα κεραμικά εργαστήρια στη θέση Κεραμιδαριά. Τέλος, παραδόσεις και περισυλλογές από διάφορες θέσεις του νησιού ολοκληρώνουν την έκθεση.
Το Μικρό Βουνί
Στη θέση Μικρό Βουνί της νοτιοδυτικής παραλίας βρίσκεται η τούμπα* του προϊστορικού οικισμού, ο οποίος κατοικήθηκε από τα μέσα της 6ης χιλιετίας (γύρω στο 5500 π.Χ.) μέχρι το 1600 π.Χ. περίπου, με μία διακοπή της κατοίκησης από το 3800 μέχρι το 2900 π.Χ. περίπου. Το Μικρό Βουνί είναι ο αρχαιότερος γνωστός προϊστορικός οικισμός στη Σαμοθράκη που χρονολογεί την άφιξη των πρώτων γεωργoκτηνοτρόφων στο νησί (τέλος Μέσης – αρχή Νεότερης Νεολιθικής).
Στο Μικρό Βουνί έχουν βρεθεί και εκτίθενται στην Αίθουσα Ε μερικά «μικροέγγραφα» σε πηλό ενός Μινωικού (Κνωσιακού) αρχείου, που χρονολογούνται στον 18ο αι. π.Χ. Η Μινωική επέκταση στη Σαμοθράκη και στο βορειοανατολικό Αιγαίο, που οργανώθηκε από το ανάκτορο της Κνωσού, είχε εμπορικό χαρακτήρα. Δύο επιγραφές στη Γραμμική Α γραφή είναι από τα πρωιμότερα δείγματα της χρήσης της γραφής αυτής εκτός Κρήτης. Τα αποτυπώματα σφραγίδων που απεικονίζουν το πρώτο τμήμα του λεγόμενου «Μινωικού Λογότυπου Προσφοράς» ή «Λογότυπου των Αρχανών» στα Μινωικά πήλινα μικρο-έγγραφα από την ανασκαφή στο Μικρό Βουνί υποδηλώνουν τον ρόλο της θρησκευτικής ιδεολογίας στις οικονομικές δραστηριότητες της μινωικής άρχουσας τάξης.
*τούμπα= τεχνητός λόφος που δημιουργήθηκε από τις επάλληλες επιχώσεις των διαδοχικών οικοδομικών φάσεων.
Το ταξίδι της Γραμμικής Α Γραφής στο Αιγαίο
Η οχύρωση του Βρυχού
και οι Θράκες
Κάποιο φύλο Θρακικής καταγωγής που ήρθε στη Σαμοθράκη στη διάρκεια της αναταραχής, στο τέλος της Ύστερης Εποχής Χαλκού / αρχή της Πρώιμης Εποχής Σιδήρου (11ος αι. π.Χ.), εγκαταστάθηκε στην περιοχή του Βρυχού. Στη στενόμακρη, σχετικά επίπεδη κορυφή του λόφου, τα ερείπια ενός εκτεταμένου οχυρωματικού περιβόλου, περικλείουν μία έκταση 9 περίπου στρεμμάτων. Η ανασκαφή εντόπισε μόνο τμήμα ενός λίθινου κυκλικού(;) θεμελίου.
Τα υπαίθρια ιερά Βενδῖδος / Αρτέμιδος και Κυβέλης / Ορείας Μητέρας
Στη θέση Μάνταλ’ Παναγιά, στις παρυφές ενός σημαντικού θρακικού οικισμού, βρίσκεται ένα υπαίθριο ιερό (τέλος 8ου αι. π.Χ. – 2ος αι. μ.Χ.) αφιερωμένο στη Βενδῖν/Ἄρτεμιν. Τρεις εγχάρακτες κεραμικές επιγραφές στα χείλη αναθηματικών κυλίκων (τέλος 6ου – α΄ μισό 5ου αι. π.Χ.) θεωρήθηκαν Θρακικές, συγγενικές με τις Θρακικές κεραμικές αναθηματικές επιγραφές από τα ιερά των Μεγάλων Θεών και του Απόλλωνος της Ζώνης στην απέναντι ηπειρωτική ακτή (6ος –τέλος 4ου/αρχή 3ου αι. π.Χ.). Σε δύο από αυτές τις κεραμικές επιγραφές από τη Μάνταλ’ Παναγιά αναγνωρίστηκε το όνομα της Θρακικής θεότητας Βενδῖδος.
Νοτιοανατολικά της Μάνταλ’ Παναγιάς, στη θέση Κερασούδα, εντοπίστηκε υπαίθριο ιερό, αφιερωμένο στην Κυβέλη ως Μητέρα ή Μητέρα Ὀρείαν, στη ρίζα του σχεδόν κατακόρυφου βράχου, ψηλά στην όχθη ενός ρέματος. Η επιφανειακή κεραμική από την Κερασούδα χρονολογείται από τα μέσα του 4ου αι. π.Χ. και μετά.
Τα εργαστήρια κεραμικής
Στη θέση Κεραμιδαριά, 5 χλμ. ανατολικά της Παλαιόπολης, αποκαλύφτηκαν δύο εργαστήρια παραγωγής αμφορέων της Ελληνιστικής εποχής. Μέχρι σήμερα, έχουν ανασκαφεί στο Δυτικό Εργαστήριο ένας μεγάλος ορθογώνιος εργαστηριακός χώρος (1ος αι. π.Χ. – 1ος αι. μ.Χ.) και ο γειτονικός χώρος απόθεσης των κεραμικών απορριμμάτων ενός παλαιότερου εργαστηρίου. Κατά την ανασκαφή του αποθέτη απορριμμάτων βρέθηκε ένας σημαντικός αριθμός ενσφράγιστων λαβών αμφορέων με 70 τουλάχιστον τύπους διαφορετικών σφραγισμάτων, που χρονολογούνται στο δεύτερο μισό του 4ου και στον 3ο αι. π.Χ. Στο Ανατολικό Εργαστήριο ήρθαν στο φως τρεις κεραμικοί κλίβανοι (1ος–3ος αι. μ.Χ.). Στην παραλία της Σαμοθράκης έχουν εντοπισθεί και άλλα κεραμικά εργαστήρια.
Η Σαμοθράκη των Παλαιοχριστιανικών και Βυζαντινών χρόνων
Η περίοδος αυτή είναι κυρίως γνωστή από την ανασκαφή των παλαιοχριστιανικών βασιλικών στην Παλαιόπολη και την Καμαριώτισσα, και του Βυζαντινού οχυρού (10ος αι.) στο Ιερό των Μεγάλων Θεών, τις εργασίες στο πλαίσιο προστασίας/ανάδειξης της Γενοβέζικης οχύρωσης της Χώρας και της Μονής Χριστού, και τις επιφανειακές αρχαιολογικές έρευνες στα νοτιοδυτικό και βορειοανατολικό τμήματα του νησιού. Στο νοτιοδυτικό εμφανίζεται μία διασπορά λίγων αγροικιών στην Παλαιοχριστιανική περίοδο (4ος-8ος αι.), ενώ η οικιστική οργάνωση παρέμεινε η ίδια αλλά πύκνωσε στους 13ο και 14ο αι. Στο βορειοανατολικό τμήμα κυριαρχεί το οχυρό Καστέλι (10ος-13ος αι.) και ο οικισμός Χουβουλιού (13ος αι. και μετά).
Ο Πύργος του Φονιά
& η Μονή Χριστού
Ο Πύργος του Φονιά (μέσα 13ου – μέσα 14ου αι.;) έχει τετράγωνη κάτοψη και σωζόμενο ύψος περίπου 12 μ. Αρχικά χρησίμευε για την προστασία του κοντινού οικισμού, στον οποίο ανήκε η μικρή λιμενική εγκατάσταση στις εκβολές του ποταμού Φονιάς. Οι τοίχοι είναι κατασκευασμένοι από ημιλαξευμένες ποταμίσιες πέτρες και ασβεστοκονίαμα με οριζόντια τοποθετημένα κεραμίδια στους αρμούς. Αποτελούνταν από ένα τυφλό ισόγειο και τρεις ορόφους. Η εσωτερική σκάλα διαμορφωνόταν θολωτά μέσα στο πάχος του τοίχου.
Ένα από τα σημαντικότερα μεσαιωνικά μνημεία στη Σαμοθράκη είναι το καθολικό της Μονής Χριστού. Πρόκειται για ένα μονόκλιτο υστεροβυζαντινό ναΰδριο (α΄ μισό 14ου αι.) στην κατασκευή του οποίου έχουν χρησιμοποιηθεί spolia από το Ιερό των Μεγάλων Θεών, ανάμεσα στα οποία και επιγραφές με καταλόγους θεωρῶν.
Οι οχυρώσεις Gattilusi στη Χώρα και την Παλαιόπολη
Οι Gattilusi ήταν Γενοβέζικη οικογένεια επιχειρηματιών και εμπόρων που είχαν τον έλεγχο σχεδόν ολόκληρου του βόρειου Αιγαίου από τα μέσα του 14ου αι. μέχρι την άλωση της Κωνσταντινούπολης. Η Σαμοθράκη παραχωρήθηκε λίγο πριν το 1431 από τον αυτοκράτορα Ιωάννη Η΄ Παλαιολόγο στον Παλαμήδη Gattilusi, ο οποίος κατασκεύασε στο νησί δύο οχυρά, ένα στη Χώρα και ένα στην Παλαιόπολη (στην αρχαία πόλη). Το οχυρό στη Χώρα αποτελείται από εσωτερική (1431) και εξωτερική (1433) οχύρωση. Η οχύρωση στην Παλαιόπολη περιλαμβάνει τάφρο, περίβολο και τρεις ορθογώνιους πύργους.
Οι λαδόμυλοι
Η ελαιοκομία και η ελαιουργία είναι στα Νεότερα χρόνια μία από τις σημαντικότερες ασχολίες των κατοίκων της Σαμοθράκης. Οι λαδόμυλοι ήταν χαρακτηριστικά προβιομηχανικά, πρωτοβιομηχανικά και βιομηχανικά μακρόστενα κτίρια με γραμμική κατανομή των χώρων. Συγκεντρώνονται κυρίως στην περιοχή των ελαιώνων, στο Ξεροπόταμο και στο Λάκκωμα, όπου ο λαδόμυλος Γ. Χανού συνιστούσε το μνημειακότερο δείγμα βιομηχανικής αρχιτεκτονικής στη Σαμοθράκη.
Η Χώρα
Mέχρι και τις αρχές του 20ού αι. η Χώρα θα παραμείνει ο μοναδικός μόνιμος οικισμός του νησιού. Διατηρεί τον ιδιότυπο χαρακτήρα της παρά τις νεότερες επεμβάσεις και την ολοκληρωτική σχεδόν εξαφάνιση του αϊτσένιου (αέτσα=επίπεδη χωμάτινη στέγη) σπιτιού, το οποίο με τον αγροτοποιμενικό του χαρακτήρα αποτέλεσε μία από τις πιο αρχέγονες μορφές οικιστικής μονάδας στον μεσογειακό χώρο.