Αρχαία πόλη, νεκροπόλεις
Η Αίθουσα Β είναι αφιερωμένη στην αρχαία πόλη της Σαμοθράκης, μέσα από την οποία περνούσαν οι υποψήφιοι μύστες, που βγαίνοντας από τη νοτιοδυτική της πλευρά ακολουθούσαν την Ιερή Οδό προς το ιερό. Η αρχαία πόλη, εκτός από μικρής κλίμακας σωστικές και δοκιμαστικές ανασκαφές, παραμένει ουσιαστικά ανεξερεύνητη. Το υλικό που εκτίθεται, πέρα από λίγα επιφανειακά και ανασκαφικά ευρήματα, προέρχεται κυρίως από την ανασκαφή των πλούσιων νεκροταφείων, ιδιαίτερα της Νότιας Νεκρόπολης της πόλης, έξω από το δυτικό σκέλος των τειχών της. Επίσης, εκτίθεται μία επιλογή από νομίσματα της Σαμοθράκης μαζί με νομίσματα άλλων πόλεων.
Η αρχαία πόλη
Στην αρχαία πόλη της Σαμοθράκης υπήρξαν δύο ρεύματα Ελληνικής εγκατάστασης: Ένα Αιολικό τον 7ο αι. π.Χ. και ένα Ιωνικό (Σαμιακό) τον 6ο αι. π.Χ. Το τείχος της αρχαίας πόλης είναι κτισμένο με ογκόλιθους, ενώ υπάρχουν και τμήματα ισοδομικής ή ψευδισοδομικής τοιχοποιίας, καθώς και πολυγωνικού συστήματος. Από τις έξι γνωστές πύλες στο τείχος, η λεγόμενη «Δυτική Πύλη», με έναν μεγάλο αριθμό λαξευμάτων για την υποδοχή στηλών, αποτελούσε την κύρια πύλη πρόσβασης στο Ιερό των Μεγάλων Θεών. Προφανώς ήταν η πύλη έναρξης του ταξιδιού της μύησης για τους μελλοντικούς μύστες και επόπτες. Στο ανατολικό τμήμα του λιμανιού της αρχαίας πόλης σώζονται τα ερείπια μιας τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής, το κεντρικό κλίτος της οποίας καταλαμβάνουν τα ερείπια ενός δεύτερου μονόκλιτου ναού. Ο αρχαίος μόλος ήταν κατασκευασμένος με ογκόλιθους τραχείτη.
Το ιερό της προστάτιδας θεάς Αθηνάς αναζητήθηκε ανασκαφικά σε ένα πλάτωμα-άνδηρο διάσπαρτο με μαρμάρινα θραύσματα, σε μικρή απόσταση νοτιοανατολικά της οχύρωσης Gattilusi. Η ανασκαφή έδωσε μεγάλο αριθμό θραυσμάτων μαρμάρινων αρχιτεκτονικών μελών που προέρχονται από δύο τουλάχιστον κτίρια, ένα Δωρικό και ένα Ιωνικό. Η κεραμική που βρέθηκε, κυρίως κλασικών και ελληνιστικών χρόνων, περιλάμβανε και αρκετά όστρακα μιας κεραμικής κατηγορίας του 7ου αι. π.Χ. με υπογεωμετρική διακόσμηση που είναι γνωστή ως κεραμική G 2-3. Παρόμοιά της βρέθηκε και σε έναν χώρο θυσιών στο βορειοδυτικό τμήμα της μεταγενέστερης (γύρω στο 340 π.Χ.) Αίθουσας Τελετουργικού Χορού στο Ιερό των Μεγάλων Θεών (Αίθουσα Δ).
Στο χαμηλότερο τμήμα της αρχαίας πόλης, κοντά στην παραλία, μία δοκιμαστική τομή του 1938 ανίχνευσε κατασκευές που χρονολογήθηκαν από το τέλος 4ου αι. μ.Χ. και μετά. Η ανασκαφή αυτή αποκάλυψε ένα μεγάλο κτίριο και πρώιμους Χριστιανικούς τάφους, που χρονολογήθηκαν μέχρι τον 6ο αι. μ.Χ. Στη διάρκεια νεότερης δοκιμαστικής-σωστικής ανασκαφής, τεκμηριώθηκαν πέντε επιπλέον τάφοι, οι οποίοι χρονολογούνται από τον 1ο αι. μ.Χ. μέχρι την Παλαιοχριστιανική / Πρώιμη Βυζαντινή περίοδο, και τέσσερις οικοδομικές φάσεις. Τα ανώτερα στρώματα περιείχαν κεραμική της Μέσης Βυζαντινής περιόδου (9ος–12ος αι. μ.Χ.), ενώ αναγνωρίστηκε κεραμική από τον 1ο μέχρι τον 7ο αι. μ.Χ., καθώς και Ελληνιστικής και Κλασικής περιόδου. Τα νομίσματα που βρέθηκαν χρονολογούνται από τον 4ο αι. π.Χ. μέχρι τον 10ο αι. μ.Χ.
Η Νότια Νεκρόπολη
Η Νότια Νεκρόπολη είναι μέχρι σήμερα το πλουσιότερο και το μεγαλύτερο σε χρονική διάρκεια νεκροταφείο της αρχαίας πόλης της Σαμοθράκης. Ανασκάφηκε τα έτη 1957, 1962-4 και 1966 από τους E. Dusenbery και Α. Βαβρίτσα. Οι ταφές χρονολογούνται από τα μέσα του 6ου αι. π.Χ. έως τον 2ο αι. μ.Χ. Το μεγαλύτερο μέρος της τελετουργίας, οι ταφικές πυρές, οι διάφορες τελετές και οι ενταφιασμοί γίνονταν σε μία σχεδόν ορθογώνια περιοχή με εμβαδόν μικρότερο από 300 τ.μ. Ίσως η Νότια Νεκρόπολη ήταν το νεκροταφείο ιερέων και διοικητικών αξιωματούχων του ιερού και των οικογενειών τους.
Η Βόρεια Νεκρόπολη
Εκτός της Νότιας Νεκρόπολης, τάφοι αποκαλύφθηκαν και σε άλλες θέσεις. Στη θέση του πρώην Ξενία (Νεκρόπολη H), σε ένα χωράφι νότια της εκκλησίας της Αγίας Παρασκευής (Νεκρόπολη K) και στη διαδρομή του σωλήνα ύδρευσης, ο οποίος μετέφερε νερό από την πηγή της αρχαίας πόλης στον οικισμό της Παλαιόπολης (Νεκρόπολη W). Οι νεκροπόλεις H, K, και W αποτελούν μέρος ενός εκτεταμένου, μεγάλου νεκροταφείου, που αποκαλείται Βόρεια Νεκρόπολη, τμήμα της οποίας (γύρω στα 400 τ.μ.) ανασκάφηκε το 1992 βόρεια του παραλιακού δρόμου και δυτικά της αρχαίας πόλης. Η έκταση αυτή περιείχε 31 ταφές τεσσάρων τύπων: 19 κεραμοσκεπείς, δύο κιβωτιόσχημους, και έναν λακκοειδή τάφους, 7 ταφικούς αμφορείς και δύο μονόλιθες σαρκοφάγους. Σε τρεις περιοχές εντοπίστηκαν έντονα ίχνη καύσης που ίσως αποτελούν κατάλοιπα ταφικών πυρών ή συνδέονται με τελετουργικές φωτιές. Δεν υπήρχε κάποιος κανόνας προσανατολισμού των ταφών, οι οποίες χρονολογούνται από το α΄ μισό του 6ου αι. π.Χ. μέχρι τον 1ο αι. μ.Χ.
Νομίσματα
Η νομισματοκοπία της Σαμοθράκης περιλαμβάνει σπάνιες αργυρές εκδόσεις που χρονολογούνται στην Ύστερη Αρχαϊκή – Κλασική περίοδο (πρώιμος 5ος αι. π.Χ. – 465 π.Χ.).
Το νομισματοκοπείο της Σαμοθράκης επαναδραστηριοποιείται δύο αιώνες μετά με την έκδοση δύο χαλκών υποδιαιρέσεων που χρονολογούνται στο τελευταίο τέταρτο του 4ου ή στον πολύ πρώιμο 3ο αι. π.Χ. Σταθερή παράσταση στον εμπροσθότυπο είναι η κεφαλή Αθηνάς προς τα δεξιά ή αριστερά με κορινθιακό κράνος και στον οπισθότυπο πλώρη πλοίου ή κεφαλή κριού προς τα αριστερά με ιστάμενο κηρύκειο.
Λίγο αργότερα, στον 3ο–2ο αι. π.Χ. τοποθετείται και η χαλκή έκδοση με ημίτομο κριού στον οπισθότυπο.
Η πιο γνωστή σειρά νομισμάτων της Σαμοθράκης με ευρεία κυκλοφορία και εκτός του νησιού είναι η σειρά με κεφαλή Αθηνάς και σπανιότερα προτομή στον εμπροσθότυπο, και ένθρονη ή καθισμένη σε δίφρο θεά στον οπισθότυπο, η οποία ταυτίζεται συνήθως με την Μεγάλη Μητέρα ή την Κυβέλη. Η νεότερη έρευνα τοποθετεί την έκδοση αυτή στον 2ο αι. π.Χ. Στην πρώιμη Αυτοκρατορική Ρωμαϊκή περίοδο (1ος αι. μ.Χ.) χρονολογείται ο τύπος με προτομή Αθηνάς στον εμπροσθότυπο και ένθρονη θεά με το εθνικό ΣΑΜΟΘΡΑΚΩΝ στον οπισθότυπο.
Περισσότερα από χίλια διακόσια νομίσματα που χρονολογούνται από τον πρώιμο 5ο αι. π.Χ. έως τον πρώιμο 19ο αιώνα, έχουν βρεθεί στις ανασκαφές στη Σαμοθράκη. Από αυτά, τα δύο τρίτα τουλάχιστον ανήκουν στις εκδόσεις της πόλης της Σαμοθράκης των Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων. Από τις εκδόσεις των άλλων ελληνικών πόλεων, κυρίως από τη Θράκη, τη Μακεδονία και την Τρωάδα, αλλά και των Ρωμαϊκών αυτοκρατορικών χρόνων, παρουσιάζεται μια μικρή επιλογή.
